En sus películas, Svankmajer trabaja con muñecos, utilizando la técnica de stop-motion. No obstante, ha empleado también actores reales, máquinas, figuras de arcilla, muñecas antiguas, esqueletos de animales y otras muchas cosas. Consigue crear un clima de pesadilla, lo que no impide que sus filmes sean, al menos en cierto modo, divertidos. Se ha inspirado en las obras de autores literarios como Edgar Allan Poe, Lewis Carroll y la leyenda germánica de Doctor Faustus.
Cortometrajes:
* Poslední trik pana Schwarcewalldea a pana Edgara ("El último truco", 1964)* Johann Sebastian Bach: Fantasia G-moll (1965)
* Hra s kameny ("Juego con piedras", 1965)
* Rakvickarna (1966)
* Et Cetera (1966)
* Historia Naturae (1967)
* Zahrada ("El jardín", 1968)
* Picknick mit Weissmann (1968)
* Byt ("El apartamento", 1968)
* Kostnice ("El osario", 1970)
* Don Sanche (1970)
* Zvahlav aneb Saticky Slameného Huberta (1971). Conocida también como "Jabberwocky".
* Tichý týden v dome ("Una semana tranquila en casa", 1969)
* Leonarduv denik ("El diario de Leonardo", 1972)
* Otrantský zámek ("El castillo de Otranto", 1977)
* Zánik domu Usheru ("La caída de la casa Usher, 1981)
* Moznosti dialogu ("Dimensiones del diálogo", 1982)
* Kyvadlo, jáma a nadeje ("El pozo y el péndulo", 1983)
* Do pivnice (1983)
* Muzné hry ("Juegos viriles", 1988)
* Another Kind of Love (1988)
* Tma/Svetlo/Tma ("Oscuridad/Luz/Oscuridad", 1989)
* Meat Love (1989)
* Flora (1989)
* Animated Self-Portraits (1989)
* The Death of Stalinism in Bohemia (1990)
* Jídlo ("Comida", 1992)
Largometrajes:
* Neco z Alenky ("Alice", 1988). Libremente basado en Alicia en el país de las maravillas, de Lewis Carroll.* Faust ("Fausto", 1994)
* Spiklenci slasti Los conspiradores del placer (1996)
* Otesánek (2000)
* Sílení (2005)
